Den 1. december i 2009 trådte Lissabon-trakaten i kraft. Det er EU's seneste traktat. Traktaten ændrede samarbejdet på tre afgørende punkter.

- For det første er det et ønske om at gøre EU mere demokratisk og åbent. Europa Parlamentet bliver styrket, de nationale medlemslande får mere indflydelse på EU-lovgivningen og for første gang nogensinde nævner traktaten muligheden for at man kan træde ud af den Europæiske Union. 

- For det andet er der et ønske om at gøre EU mere effektiv og arbejdsdueligt. Det sker med en mere forenklet beslutningsprocedure hvor et kvalificeret flertal er nok til at tage beslutninger på flere politikområder. Derud over får Det Europæiske Råd en formand og flere af EU's institutioner strømlines. 

- Endelig er der et ønske om at styrke EU's rolle på den internationale scene. Lissabon-traktaten indfører to nye topposter i EU systemet, formanden for Det Europæiske Råd og en slags udenrigsminister der kan tale på alle medlemslandes vegne. Med de to nye poster bliver det nemmere for EU at tale samlet og dermed håber EU på at få en stærkere postition på den internationale scene.Europa-Parlamentet godkendte Lissabontraktaten den 19. februar 2008 (betænkning af Corbett/Méndez de Vigo). Lissabontraktaten fastsætter, at Kommissionens formand skal vælges af Parlamentet, efter at Det Europæiske Råd, som skal tage resultatet af valget til Europa-Parlamentet i betragtning, har stillet forslag om en kandidat. Desuden er der lagt flere nye områder ind under den fælles beslutningsprocedure, som fremover kaldes "den almindelige lovgivningsprocedure".